<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
Hi, Gary —
<div>The comma-delimited list of coordinates in the variable declaration must match the order of dimensions in the ncdump output.
<div>
<blockquote type="cite">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<pre>float ABF_mass_concentration(time, copy, vert, lat, lon) ;</pre>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>This variable has to have "t,e,z,y,x” since we are mapping the ‘copy’ coordinate to E and the ‘vert' coordinate to Z. </div>
<div>—Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Jul 6, 2016, at 3:56 PM, Love, Mr. Gary, Contractor, Code 7542 <<a href="mailto:gary.love.ctr@nrlmry.navy.mil">gary.love.ctr@nrlmry.navy.mil</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
{font-family:Courier;
panose-1:2 7 4 9 2 2 5 2 4 4;}
@font-face
{font-family:Courier;
panose-1:2 7 4 9 2 2 5 2 4 4;}
@font-face
{font-family:Calibri;
panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
{font-family:Tahoma;
panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
{font-family:Consolas;
panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{margin:0in;
margin-bottom:.0001pt;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
{mso-style-priority:99;
color:blue;
text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
{mso-style-priority:99;
color:purple;
text-decoration:underline;}
p
{mso-style-priority:99;
mso-margin-top-alt:auto;
margin-right:0in;
mso-margin-bottom-alt:auto;
margin-left:0in;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman","serif";}
pre
{mso-style-priority:99;
mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
margin:0in;
margin-bottom:.0001pt;
font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New";}
span.HTMLPreformattedChar
{mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
mso-style-priority:99;
mso-style-link:"HTML Preformatted";
font-family:Consolas;}
span.EmailStyle20
{mso-style-type:personal-reply;
font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
{mso-style-type:export-only;
font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
{size:8.5in 11.0in;
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div.WordSection1
{page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
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<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">Thanks Jennifer,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">I can open the file now. I just need to set the ctl parameters correctly.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">I didn’t know you could set the coordinate order in the variable spec using
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">t,e,z,y,x. This is a cool thing to know.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">Thanks again,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%">Gary</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#376092;mso-style-textfill-fill-color:#376092;mso-style-textfill-fill-alpha:100.0%"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">
<a href="mailto:gradsusr-bounces@gradsusr.org">gradsusr-bounces@gradsusr.org</a> [<a href="mailto:gradsusr-bounces@gradsusr.org">mailto:gradsusr-bounces@gradsusr.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Jennifer M Adams<br>
<b>Sent:</b> Friday, July 01, 2016 6:42 AM<br>
<b>To:</b> GrADS Users Forum<br>
<b>Subject:</b> Re: [gradsusr] SDF file error: does not have non-coordinate variables<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi, Gary — <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Jim is right, you need a descriptor file for the “BAD” file with the extra dimensions. An example is below, but since your ncdump output didn’t show any metadata for the coordinates, I set everything to ‘abstract’ grid dimensions. You also
need to alias the variables that have upper case letters and are >16 characters. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">dset ^ENAAPS_2013080200_24hr.nc</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">dtype netcdf</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">undef -9.99e8</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">xdef 360 linear 1 1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">ydef 180 linear 1 1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">zdef 25 linear 1 1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">tdef 2 linear 02aug2013 1dy</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">edef 12 names 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">vars 7</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">sigma 25 z mid-level sigma b</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">height 25 t,e,z,y,x elevation above surface [m]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">pressure 25 t,e,z,y,x mid-level pressure [hPa]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">ABF_mass_concentration=>abfmc 25 t,e,z,y,x Anthropogenic and Biogenic fine mass concentration [ug/m^3]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">dust_mass_concentration=>dustmc 25 t,e,z,y,x Dust mass concentration [ug/m^3]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">smoke_mass_concentration=>smokemc 25 t,e,z,y,x Smoke mass concentration [ug/m^3]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">seasalt_mass_concentration=>saltmc 25 t,e,z,y,x Seasalt mass concentration [ug/m^3]</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier">endvars</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">—Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Jun 30, 2016, at 9:32 PM, James T. Potemra <<a href="mailto:jimp@hawaii.edu">jimp@hawaii.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p>Hi Gary,<o:p></o:p></p>
<p>You are likely having problems because of the extra dimensions on your variables, specifically "copy" and "vert" (the good file has var(time,lat,lon) while the bad file has var(time,copy,vert,lat,lon). You might be able to use a control file and map "vert"
to ZDEF and "copy" to ensemble or something like that.<o:p></o:p></p>
<p>Jim<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 6/30/16 2:14 PM, Love, Mr. Gary, Contractor, Code 7542 wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<pre>I have seen this problem reported earlier in the grads forum, but no clear<o:p></o:p></pre>
<pre>solution has emerged.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I'm using 2.0.2 on platform: Linux 2.6.32.59-0.7-default #1 SMP 2012-07-13<o:p></o:p></pre>
<pre>15:50:56 +0200 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Some .nc files do not open and give an error.<o:p></o:p></pre>
<pre> gadsdf: SDF file does not have any non-coordinate variables.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>No script is being used. This occurs at the command line when attempting to<o:p></o:p></pre>
<pre>sdfopen the file.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>The results from ncdump -h for the bad file and a similar good file appear<o:p></o:p></pre>
<pre>below..<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>The issue may be related to the "copy" variable.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Thanks for any advice, I did not write these files but have access to the<o:p></o:p></pre>
<pre>author who doesn't know what the problem is either.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Gary Love<o:p></o:p></pre>
<pre>NRL Monterey, CA<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>BAD FILE<o:p></o:p></pre>
<pre>_______<o:p></o:p></pre>
<pre>netcdf ENAAPS_2013080200_24hr {<o:p></o:p></pre>
<pre>dimensions:<o:p></o:p></pre>
<pre> lat = 180 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon = 360 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> vert = 25 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> copy = 12 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time = 2 ;<o:p></o:p></pre>
<pre>variables:<o:p></o:p></pre>
<pre> int time(time) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time:units = "seconds since 2013-08-02 00:00:00" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time:standard_name = "time" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> int forecast_reference_time ;<o:p></o:p></pre>
<pre> forecast_reference_time:units = "seconds since 1970-01-01<o:p></o:p></pre>
<pre>00:00:00" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> forecast_reference_time:standard_name =<o:p></o:p></pre>
<pre>"forecast_reference_time" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float lat(lat) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lat:units = "degrees_north" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lat:long_name = "latitude" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float lon(lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon:units = "degrees_east" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon:long_name = "longitude" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float sigma(vert) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> sigma:units = "sigma_level" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> sigma:long_name = "mid-level sigma b" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float height(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> height:units = "m" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> height:long_name = "elevation above surface" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float pressure(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> pressure:units = "hPa" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> pressure:long_name = "mid-level Pressure" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float ABF_mass_concentration(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> ABF_mass_concentration:units = "ug/m^3" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> ABF_mass_concentration:long_name = "Anthropogenic and<o:p></o:p></pre>
<pre>Biogenic fine mass concentration" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float dust_mass_concentration(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> dust_mass_concentration:units = "ug/m^3" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> dust_mass_concentration:long_name = "Dust mass<o:p></o:p></pre>
<pre>concentration" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float smoke_mass_concentration(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> smoke_mass_concentration:units = "ug/m^3" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> smoke_mass_concentration:long_name = "Smoke mass<o:p></o:p></pre>
<pre>concentration" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float seasalt_mass_concentration(time, copy, vert, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> seasalt_mass_concentration:units = "ug/m^3" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> seasalt_mass_concentration:long_name = "Seasalt mass<o:p></o:p></pre>
<pre>concentration" ;<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>// global attributes:<o:p></o:p></pre>
<pre> :Conventions = "CF-1.0" ;<o:p></o:p></pre>
<pre>data:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> time = 0, 86400 ;<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>}<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>GOOD FILE<o:p></o:p></pre>
<pre>________<o:p></o:p></pre>
<pre>netcdf ENAAPS_2013081518_24hr_e1 {<o:p></o:p></pre>
<pre>dimensions:<o:p></o:p></pre>
<pre> lat = 180 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon = 360 ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time = 5 ;<o:p></o:p></pre>
<pre>variables:<o:p></o:p></pre>
<pre> int time(time) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time:units = "seconds since 2013-08-15 18:00:00" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> time:standard_name = "time" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> int forecast_reference_time ;<o:p></o:p></pre>
<pre> forecast_reference_time:units = "seconds since 1970-01-01<o:p></o:p></pre>
<pre>00:00:00" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> forecast_reference_time:standard_name =<o:p></o:p></pre>
<pre>"forecast_reference_time" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float lat(lat) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lat:units = "degrees_north" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lat:long_name = "latitude" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float lon(lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon:units = "degrees_east" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> lon:long_name = "longitude" ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float total_aod(time, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float sulfate_aod(time, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float dust_aod(time, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float smoke_aod(time, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre> float seasalt_aod(time, lat, lon) ;<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>// global attributes:<o:p></o:p></pre>
<pre> :Conventions = "CF-1.0" ;<o:p></o:p></pre>
<pre>data:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> time = 0, 21600, 43200, 64800, 86400 ;<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>}<o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>gradsusr mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:gradsusr@gradsusr.org">gradsusr@gradsusr.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://gradsusr.org/mailman/listinfo/gradsusr">http://gradsusr.org/mailman/listinfo/gradsusr</a><o:p></o:p></pre>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
gradsusr mailing list<br>
<a href="mailto:gradsusr@gradsusr.org">gradsusr@gradsusr.org</a><br>
<a href="http://gradsusr.org/mailman/listinfo/gradsusr">http://gradsusr.org/mailman/listinfo/gradsusr</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 9pt;">--<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size: 9pt;">Jennifer Miletta Adams<br>
Center for Ocean-Land-Atmosphere Studies (COLA)<br>
George Mason University<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
gradsusr mailing list<br>
<a href="mailto:gradsusr@gradsusr.org">gradsusr@gradsusr.org</a><br>
http://gradsusr.org/mailman/listinfo/gradsusr<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<div apple-content-edited="true">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="font-size: 12px; orphans: 2; widows: 2;">--</div>
<div style="font-size: 12px; orphans: 2; widows: 2;">Jennifer Miletta Adams<br>
Center for Ocean-Land-Atmosphere Studies (COLA)<br>
George Mason University<br>
<br>
<br>
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