<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>--- On <B>Fri, 11/14/08, Eric Altshuler <I>&lt;ela@COLA.IGES.ORG&gt;</I></B> wrote:<BR></DIV>

<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid">From: Eric Altshuler &lt;ela@COLA.IGES.ORG&gt;<BR>Subject: Re: Running Shell Script for grib2ctl /gribmap on crontab<BR>To: GRADSUSR@LIST.CINECA.IT<BR>Date: Friday, November 14, 2008, 3:03 AM<BR><BR><PRE>Zilore,

The grib2ctl.pl script requires wgrib to be in the user's path. When a job

runs under cron, the environment (including the path) is usually different than

if you run the job from an interactive login. Often, the PATH for a cron job

will not include $HOME/bin or '.', and sometimes /usr/local/bin is not

included either. Even though you provide full paths for grib2ctl.pl and gribmap,

it is likely that grib2ctl.pl cannot find the wgrib executable. There are two

things you could do:

1. Find the directory where the wgrib executable is located on your system, and

add it to the PATH environment variable, e.g. if it is in /usr/local/grads/bin,

then add this line near the beginning of your script:

export PATH=/usr/local/grads/bin:$PATH

2. Alternatively, edit the grib2ctl.pl script and look for the following line:

$wgrib='wgrib';

Change this to:

$wgrib='/usr/local/grads/bin/wgrib';

or wherever wgrib is located on your system.</PRE><PRE><DIV><FONT color=#0000ff>Eric,</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>Thanks very much for explaining to me what exactly is happening.</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>I am half there.</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>As per your suggestions, I did three things:</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>1. I added grib2ctl path in my shell profile file</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>2. I put both paths to perl and to grib2ctl</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>3. In grib2ctl.pl there is a system command 'system "wgrib $wflag -v..." ' which i changed to</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>   'system "/usr/local/grads/bin/wgrib $wflag -v..." ' </FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>Now the ctl file is being created, but the idx file is not, though /usr/local/grads/bin/</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>is on the path, and unfortunately gribmap is bianry so there is nowhere I can

 touch.</FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff> </FONT></DIV><DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp; </FONT><FONT color=#c00000>/usr/bin/perl /usr/local/bin/grib2ctl.pl -verf $model$cycle$grib_ext &gt; $model$cycle$ctl_ext<BR>&nbsp;&nbsp;/usr/local/grads/bin/gribmap -i $model$cycle$ctl_ext -v -e</FONT></DIV><DIV><FONT color=#000000>Thanks for the assistance.</FONT></DIV><DIV><FONT color=#c00000><FONT color=#000000>Zilore</FONT><BR></FONT><BR><BR></DIV>

Best regards,

Eric L. Altshuler

Assistant Research Scientist

Center for Ocean-Land-Atmosphere Studies

4041 Powder Mill Road, Suite 302

Calverton, MD 20705-3106

USA

E-mail: ela@cola.iges.org

Phone: (301) 902-1257

Fax: (301) 595-9793

----- Original Message -----

From: "zilore mumba" &lt;zmumba@YAHOO.COM&gt;

To: GRADSUSR@LIST.CINECA.IT

Sent: Thursday, November 13, 2008 2:08:08 AM GMT -05:00 US/Canada Eastern

Subject: Running Shell Script for grib2ctl /gribmap on crontab

Sincere apologies as my question is not purely Grads. I have a shell script

(code below) which:

1.Ā concatenates files via the cat command;

2. runs grib2ctl to create a ctl

3. run gribmap

When I run the script manually (i.e. on the command line) it performs as

required.

When I run it through crontab, it concatenates filesĀ ok, but it creates a ctl

file which is empty and it does notĀ create an idx file (even though I have

indicated the paths to where grib2ctl and gribmap are located)

Assistance will be appreciated.

Zilore.

Ā

#

#!/bin/bash

#This script processes UKMO model data from RETIM-SYNERGIE and archives it on

#the ACMAD system. The cycles (or times) are 00 and 12.

#

ctl_ext=".ctl"

grib_ext=".grib"

UK_sufx="2"

dash="-"

model="ukmo"

#

model_dat=`date "+%Y%m%d"`

model_hr=`date "+%H"`

#

model_dat1=$( date -d "1 day" "+%Y%m%d" )

#

model_mon=`date "+%m"`

mon_name=`date "+%B"`

yr=`date "+%y"`

#

if [ $model_hr -gt "15" ]

Ā  then

Ā Ā Ā  cycle="12"

else

Ā Ā Ā  cycle="00"

fi

#

base_dir="/home/Mumba/archive/$model_mon$dash$mon_name$yr"

#

Ā Ā Ā Ā Ā  cd $base_dir/$model/$model_dat

#Ā Ā Ā Ā Ā  pwd

Ā Ā Ā Ā Ā  cat *H &gt; $model$cycle$grib_ext

Ā Ā Ā Ā Ā  /usr/local/bin/grib2ctl.pl -verf $model$cycle$grib_ext &gt;

$model$cycle$ctl_ext

Ā Ā Ā Ā Ā  /usr/local/grads/bin/gribmap -i $model$cycle$ctl_ext -v -e

Ā Ā Ā Ā Ā  rm *H

Ā  #

Ā Ā Ā Ā Ā  mv $base_dir/$model/$model_dat1/*H $base_dir/$model/$model_dat

Ā Ā Ā Ā Ā  cat *H &gt; $model$cycle$UK_suf$grib_ext

Ā Ā Ā Ā Ā  /usr/local/bin/grib2ctl.pl -verf $model$cycle$UK_sufx$grib_ext

&gt; $model$cycle$UK_sufx$ctl_ext

Ā Ā Ā Ā Ā  /usr/local/grads/bin/gribmap -iĀ  $model$cycle$UK_sufx$ctl_ext

-v -e

Ā Ā Ā Ā Ā  rm *H

Ā Ā  #

#

date

exit 0

</PRE></BLOCKQUOTE></td></tr></table><br>